Doxywizard というGUIのツールを使って簡単にドキュメントを生成してみます。

[Start] - [Programs] - [doxygen] - [Doxywizard]
で Doxywizard を実行します。

まず、Doxygen の設定ファイル Doxyfile を保存します。
[File] - [Save as ...]
で、ドキュメントを作成したいプロジェクトのディレクトリに Doxyfile を保存します。
（"Doxyfile" という拡張子なしの名前が一般的なようです。Makefileみたいに。）

このままでも一応ドキュメントを作成でるんですが、ものすごくそっけないです。 気になる方はためしに、
[Doxygen] - [Run]
で、Doxygen を実行してみてください。
そっけなすぎるドキュメントができあがります。

ある程度みられるドキュメントを設定するために、以下の設定をしてみてください。

[Build] - [EXTRACT_ALL]	YES
[Dot] - [HAVE_DOT]	YES
[Input] - [RECURSIVE]	YES
[HTML] - [GENERATE_TREEVIEW]	YES

だいたいこれぐらい設定すればいい感じのドキュメントが出来上がります。

Doxyfile と同じディレクトリに html というディレクトリが作成されていて、 その中に プロジェクトのドキュメントが作成されています。

できた index.html を開いてみてください。
どうですか？